In deze aride condities is de kans op fossilisatie beperkt, tenzij de resten snel bedekt worden

Goede condities voor fossilisatie zijn erg zeldzaam, en meestal treedt tot op zekere hoogte verstoring van de resten op, zodat vooral de harde delen van organismen (schaal, botten en tanden) bewaard blijven. Aangezien sedimentatieprocessen meer voorkomen in rivier- en vooral mariene situaties, zijn fossielen van aquatische organismen veel talrijker dan fossielen van landorganismen. Deze laatste worden voornamelijk aangetroffen in afzettingen van catastrofale gebeurtenissen zoals vulkaanuitbarstingen, landverschuivingen of overstromingen. De best bewaarde fossielen ontstaan als een organisme snel wordt afgedekt met zeer fijnkorrelig sediment, in combinatie met zeer zuurstofarme condities. In dergelijke condities krijgen normale rottingsprocessen geen kans en blijven zelfs weke delen bewaard, soms met alle fijne details.

Ook na het begraven door sedimenten hangt het nog van de chemische samenstelling van de afzetting af of het fossiel goed bewaard blijft of niet. In de afzetting kan het fossiel door invloed van chemische processen gedeeltelijk worden omgezet in andere mineralen. De interne structuur van het fossiel blijft hierbij goed behouden. Ook is het mogelijk dat het fossiel eerst geheel oplost door omstandigheden in de afzetting. Deze holte kan vervolgens wel weer worden opgevuld door andere mineralen, maar je vindt dan alleen een "afdruk". De interne structuur van het fossiel gaat hierbij verloren. Ook na fossilisatie kan het fossiel beschadigd of opgelost geraken, bijvoorbeeld door percolatie van water doorheen het gesteente, of door verweringsprocessen als het fossiel zich dicht bij het aardoppervlak bevindt. Dit laatste kan je vaak zelf waarnemen in het veld: waar een fossielhoudende laag door natuurlijke erosie blootligt, zijn fossielen die zich enkele tientallen centimeters dieper in de laag bevinden soms iets beter bewaard dan deze die zich aan of vlak bij het verweringsvlak bevinden.

Deze crustacea en vis zijn uitstekend bewaard gebleven in de conservat-lagerstätten van Libanon

Afzettingen met een heel bijzondere fossieleninhoud worden in de wetenschap Lagerstätten genoemd. Men maakt hierbij het onderscheid tussen zgn ‘Konservat-lagerstätten’, waarin de fossielen op een uitzonderlijke manier bewaard zijn gebleven, en ‘Konzentrat- Lagerstätten’, waarin zich uitzonderlijke hoeveelheden of concentraties van fossielen bevinden. Deze lägerstatten zijn zonder uitzondering van zeer groot wetenschappelijk belang. Konservat-lagerstätten zijn vaak het product van zeer specifieke chemische condities, waarbij de fossielen bewaard zijn gebleven door een omzetting naar fosfaat, silica of pyriet, als koolstoffilm, of als afdruk via een ander medium (vb. microbiële matten op de zeebodem).