Een polyfyletische taxonomische eenheid wordt zo genoemd als de laatse gemeenschappelijk voorouder niet tot die taxonomische eenheid behoort. In de moderne taxonomie wordt gestreeft naar taxonomische indelingen die geheel de evolutionaire afstamming volgen. Door DNA onderzoek zijn veel taxonomische indelingen herzien. Vooral verouderde indelingen zijn polyfyletisch. Bij fossiele soorten is onderzoek naar afstamming gecompliceerder omdat DNA onderzoek meestal geen optie is. In de paleontologie komen polyfyletische indelingen nog wel voor.