Fossielen en levende soorten organismen worden ingedeeld volgens een internationaal systeem van naamgeving. Het indelingssysteem is bedacht door de Zweedse onderzoeker Linnaeus en is gepubliceerd in 1758. Sindsdien wordt dit systeem gebruikt voor alle botanische en zoölogische naamgeving, en dus ook voor alle fossielen.

De indeling is gebaseerd op een indeling in verschillende hiërarchische categorieën. De primaire categorieën in de systematische naamgeving:

Leven -- Domein ---- Rijk (Regnum)

------ Stam (Phylum)

-------- Klasse (Classis)

---------- Orde (Ordo)

------------ Familie (Familia)

-------------- Geslacht (Genus)

---------------- Soort (Species)

Ook worden er soms nog subindelingen gehanteerd zoals sub- en super- (bijvoorbeeld subfamilie).

Deze indeling moet een weergave zijn van de onderlinge verwantschap van soorten, en is voornamelijk gebaseerd op morphologische, anatomische, fysische en chemische eigenschappen. Met de opkomst van de genetica worden classificaties -gebaseerd op genetische overeenkomsten -snel een stuk accurater, in het bijzonder van recente organismen. DNA gaat echter snel verloren in het fossilisatieproces, waardoor een dergelijke nauwkeurige indeling voor uitgestorven soorten veel moeilijker te bereiken is. Recente inzichten in evolutionaire biologie en paleo-ecologie, in combinatie met verbeterde analytische technieken, dragen echter vaak bij tot herzieningen en verfijningen van de taxonomische classificatie. 

De taxonomische indeling is bijgevolg een systematische indeling van het leven (extinct en extant) in hierarchische groepen, gebaseerd op hun graad van gelijkenis, welke een graad van verwantschap moet inhouden. Wanneer zo'n indeling gebaseerd is op genetische gelijkenis spreken we van een fylogenetische stamboom.